基礎断熱で床下の通気をどうするか。それは工務店各々の判断だと思う。基本的に基礎断熱の場合、床下は室内なので外部との通期は不要。だから気密パッキンを使う。ただし、空気のある部分で流動がない部分っていうのは、どうしてもカビの発生するリスクがあるからできるだけ気密性を上げるか、空気を動かしたい。なので床上の空気を取り込んで床下から排気させたり、地下の冷たい空気を室内に循環させて冷房に使ったりいろいろな工法がある。「空気のある部分で流動がない部分」は他にもあって、例えば改装の天井裏とか、外壁面に接しない壁の中とか。こういうところも通気をとったほうがいい？ってなる。そういう工法もある。個人的には基礎断熱の場合、床下と床上の通気はとっておいた方が良いと思うが、その営業さんはそうではないようだ。その場合、客としてこうしてほしいという注文を付けるべきだが、その場合施工者の意図や考えを無視してしまうことになるので責任問題が発生する。そういう事態を避けるためには本当は、自分の考えを尊重し考えてくれる施工者に任せるべきだが、もう進んでしまっている場合、第3者の設計者に換気計画を検討してもらい施工者に指示してもらうしかないと思う。本当はメーカーがそういう役割をしてくれればよいのだが、自分の会社の商品を購入してくれる工務店サイドには文句を言いにくいのはどこも一緒。メーカー推奨でない場合どんなリスクがあるのかははっきりさせておくとよい。直接匿名で問い合わせるのもよい。

>現在、建築中でハウスメーカーは初めての基礎断熱です。
> 気密パッキンを使用しているのですが、メーカーの注意事項に
>気密パッキンは外周のみで内周は通気パッキンを使用するように記載されていますが、全て気密パッキンを使ってしまっています。
>換気メーカーのプランに床下に排気ダクトを１本だけ入れるようには
> なっています。

　メーカーの言い分ですが、
こうした方が良いです。から、こうしないと、生命の危険を伴います。などのような、きついものまで、様々です。そのレベルに応じて、現場での裁量が許されるわけです。この場合は、ある程度の大きな裁量が許されるものでないでしょうか？
　それに対しての有効な対応策が取られる必要は有りますが。

>営業と換気メーカーが現場に来ている時に、気密パッキンの事を指摘し、
>換気メーカーとどのように床下の換気を対策するか話していると、
> 営業がうちは間違っていないと怒鳴りだし、対策など言うなら
>工事は中止だと言い出しました。

　正直言うと、大人げないと思いますが、気持ちは理解できます。
私でも、ここまでしなくとも、不快な気持ちはもつでしょう。
　お客様としては、当たり前に思うのでしょうが、
実は、仕事を請け負い、その諸々の管理(工程管理、品質管理、・・・・）を、するのは、施工会社であり、ここで言うところの「営業」なのです。
　それを差し置いて、また、頭越しに何かが決まる、何かが進む。これは、由々しきこと言えます。あくまでも、中心は「施工業者」それに付随する協力業者なのです。
もちろん「お客様」が第一です。ただし、踏み込んで良い領分と、一歩下がって控えるべきところが有ると、お考えください。

>換気メーカーは営業に言えないようで、大丈夫なんじゃないと
>逃げていってしまいました。

　まあ、にげるでしょうね。

>こちらの要望で床下の排気ダクトの対角に床の換気ガラリを三ヶ所つける
>予定です。基礎は立ち上がりも多くカビが大丈夫か心配です。
> 営業は基礎断熱で床下の換気って何を言ってるの？と
> カビ対策など特に何も考えていないようです。
> 床下のカビ対策で何か今から出来る対策はないでしょうか。
>また怒鳴る時にこちらの人格まで否定しだし、
> 工事中止などと脅してくる営業に対し不信感が一杯です。

　ここまで大人げないと、お客様というものを、完全になめてるね。と思いますが、
この営業さんの上司も同じ感じですか？
これでは、まともな仕事は不可能でしょう。
上司、社長などへの、担当者の変更を要望することも必要でしょうね。
　ただ、お互い(営業も）感情的になっては、話は進みません。くれぐれも冷静に。
ただし、証拠（録音、打ち合わせ録、日付のわかる資料など）だけは、こまめに。

>基礎断熱が初めてというのも工事直前に伝えられ、
>初めてなら契約はしませんでした。
>このまま家を建てて何かあった時にきちんと対応してくれるのか、
> 不安です。
> 何か良い手立てがあればお助け下さい。

　誰でも最初は「初心者」です。
初心者だから頼まない、では誰も成長しません。
　きちんと対応するのは、「営業」と呼ぶ、「個人」ではありません。
「請負契約」を結んだ、「会社、法人」です。
その辺の確認なり、一筆取っておくなり、確実にしておくべきでしょう。