文章から受ける印象で懸念されるのは、床下の地盤面の湿気が抜け切っていないようです。
湿気が抜けないまま気温が上昇してくると当然ながら腐朽菌が発生します。
それが本件の異臭要因であると思われます。
地盤面と床下地盤面の高低差がキーワードのように思いますが、地盤面は床下地盤面より、必ず低くなっていなければなりません。
外部に降った雨が地盤に浸透し切れずに、床下に浸透して床下空間の湿度を上昇させている場合があります。
このような事象を確認するには、床下に潜り土台の含水量を測定します。
乾燥木材の含水量は15％程度ですが、床下に雨水が浸透していると木材含水量が30％を超えているような場合があります。それなら早急な対策が必要です。
シロアリも湿気の多い場所を好みますが、アリの種類によっては湿気が無くとも側面から入り込む事があり、本文章だけで断定できません。
シロアリに関して専門駆除業者に診断対応して戴くのが賢明です。
抜本的な床下湿気の対策としては、家の周りに暗渠（側溝でも良い）を設けて雨水が床下に浸透しないで排水出来るように致します。
敷地によっては排水先の高低など幾つかの課題はあります。
例えば、低地の敷地で側溝の排水が出来ない場合は、ピット（取水枡）を掘って敷地の水を集め、電動ポンプアップ方式などの検討すべきでしょう。
家の健康、住む人の健康を考えたら、今の現況からの対応策としては、必須の対策法と思われます。

築2年のモデル住宅であっても中古扱いとなります。
また事象の性質上、瑕疵保険なども適用されません。
中古となると販売価格面でハウスメーカー側も言い分が出てきます。
このような事象が場合が出た場合は、ハウスメーカーの誠意や好意に頼るしかないのが現状です。
買って間もない住宅のトラブルで、不本意な事が多いようですが、ある程度の費用負担を念頭に出来るだけ満足出来る対応を要請すべきでしょう。
決して感情的にならず、誠意を引き出す交渉が賢明です。