「通常の工法」というより、補修するのであれば、そんな方法しか無いでしょうね。。

５ｃｍ　所定の位置からずれたとの事ですが、それは「補修しない」「そのままの位置で対応する」という選択肢は無いのでしょうか？

間違いは間違いとして、許容し、そのペナルティは別途、お考えになった方が宜しいように思います。妙に手を加える方が、ご心配の通り、今後のリスクを大きくするだけで、得策ではないよな気がします。