拝読した内容とお住まいの地域から、ベタ基礎の底盤なのかな？と推測しました。その前提でお答えします。

少々、乱暴に聞こえるかもしれませんが、あまり気になさらずに宜しいのかな？と思います。底盤に関して、仮にご心配の通り、寒さが原因で多少許容圧縮応力度（コンクリートの強さの事です）が少なくなっていたとしても、建物の安全性に大きくかかわる、、、とは思えません。底盤の場合、鉄筋さえちゃんとした状態であれば、コンクリートは鉄筋の保護材、、、という程度の役割しか果たしていません。

むしろ、そんなリスクのために、底盤をコア抜き（一部に穴をあけてサンプリングする事）する方が、今後、建物に様々な悪さをするのでは？？と心配してしまいます。
端であれ、真ん中であれ、「大事な鉄筋」を切断する恐れもありますし、切断しないにしろ、湿気なんかの事を考えれば、良い事はありません。止めた方が無難と思いますが。

多分、工務店さんも、あなた様を納得させるために、やむを得ず申し出たのかと思いますが、取るに足らないリスクをヘッジする、、あるいは安心するために、より大きなリスクを犯しているような気がします。

立ち上がりに関しても、わざわざ２、３か月待って、という事なのであれば、それほどの事をせずとも、いいように思います。どうしても寒さが気になるようでしたら「コンクリートの温度補正」をしてください。。とお願いされてみてはいかがでしょうか？無論、コンクリート打設は暖かい日に打ってもらいましょう。２、３か月待つ覚悟があるのでしたら、多少の天気待ちはできますよね。

どうしても、２、３か月、現場放置するのであれば、鉄筋はいくらでも養生できます。多分、シートを被せておく程度でしょうし、錆も進行するでしょうが、多少の錆は気にすることはありません。

ちなみに、北海道では真冬にコンクリート打設する場合もあります（但し、終日氷点下の場合は様々な処置はします）し、何らかの事情で、一冬、雪の中に鉄筋を放置する（無論、シート養生などはします）場合もあります。

あくまでも「基準」から外れた事がけしからん。。とおっしゃるのであれば、それは４０ｋｍ制限の道路を４３ｋｍで走ってしまえば、まさしくその通りなのですが、果たして、それが実際の安全性に影響あるのか？４３ｋｍだったかどうか、確認しようぜ！と、喧嘩しながら同じ車に同乗し、６０ｋｍで戻って行く。。。そんな危うさを感じました。

工事の最初の部分なので、気になるのは、充分理解できます。また、この答えもあえて技術屋的、論理的な物言いをしておりませんし、優等生の模範解答では無いと思います。ただ、、、これを読まれている、大多数の常識的な建築関係者は「そんなの、、大丈夫でしょ」とお考えと思います。

北海道でコンクリート打設後の採暖養生は打設後24時間です。その後は、もっと過酷な状況ですが、凍ったコンクリートは見たことがありません。大丈夫だと思いますよ。