最初に一般的な話を、
まず、自由設計と言われていても、何から何まで「自由」とは限りません。
一つは、物理的に不可能なことですね。
　たとえば、宙に浮いた建物は、できません。
もう一つは、あまり建物のために良くない。不可能ではないが、「耐久性」を落とす。とか、「構造強度」の計算値がどうしても良くない。とか。
　たとえば、南側一面を窓にしたい。という要望は、不可能ではありませんが、
地震が来ると、その面は、真っ先につぶれる？あるいは横にねじれるかもしれません。そもそも、構造計算（筋交い計算）で、確認申請が通らないでしょう。

今回の件が、これらになるか否か、は　わかりませんが、
これらの理由で、「無い方が良い」で、削られ、それを、お客様に確認しないうちに進んでしまった。と、推測します。
　どの時点で、どういう理由で無くなったのか？確認してみる必要は有るかもしれません。　
　契約の中で有った。窓は、無断では無くせない。のが、通常の考え方かと思います。無くなった経緯は、調べた上で、動きを決める。対策を協議する必要が有ると思うのですが。
　構造強度の関係で、はぶいたもの。であれば、なぜ、そうなったのか？なぜ、お客様に確認が無かったのか？
　もし、ケアレスミスで無くなったのだとすれば、どの時点で、それをなぜ　気がつかなかったのか？その責任をどこまで考えているのか？
　前者の理由であれば、無理してまで「付ける」考えはおすすめしません。
　後者の理由であれば、今から付ける事はどこまで可能か？付ける事でのメリット、デメリット（お互いに）を、相談に上、お決めになると良いでしょうね。それに関わるお金の問題も含んで。

　一応、参考までに
　一階と二階の間には「胴差し」などの横材が、両端までつながっています。
これで、建物の強度というより、最低限の「形」を形成しています。
単純に「階段に窓」と考えると、実はこの部分に窓がつくことが多いわけです。
で、これを切断することは、相当なリスクがあります。というより、タブーに近いことです。ですから、私などは、階段の窓の場合は、胴差しの上か下。あるいはその両方に付ける考えをします。それをどうしても・・・というのなら、他で何かしらの「補強」が必須になります。
この件の場合は、その考慮の渦中で、無くなったのでは？と推測します。

　いずれにしても、「なんとしても付ける」必要が有るモノか否か。を含めて、
冷静に、協議をされることをおすすめします。
　　

結論から言うと、最終契約？、契約書という名目で了承してしまっている以上、法的にケンカしようと思っても勝ち目はないと思います。あるいはその費用が馬鹿馬鹿しい結果になるでしょう。先方もプロだし商売です。なんとか道義的な見解での交渉をするしかないのではないでしょうか。

おそらく一般的な窓とちがうのは、階段の途中の窓はその高さ設定をどうするかが少しだけ複雑な確認が必要です。現場をやっていると単純な足し算引き算ができれば、、と思うのですが、若い設計や営業の方ですとそれを保留にしたり現場合わせにすることが多いです。高さの決まってない仮の窓でも仮の数字を入れて絵にしないと現場に引き継がれません。その辺の引き継ぎミスなような気がします。

現在調査してくれているということなので、窓がどの段階でなくなったのか？その際に説明はあったのか？を打合せ議事録等も合わせて調べてもらい、先方に不備があればできるだけ要望を叶えてもらえるようにうまく交渉してもいいのではと思います。
後からでもどうしてもそこに窓がほしい場合、あきらめると一生引っかかることもあるかもしれませんし、特に重要ではないけど納得できない場合はほかの何かをサービスしてもらうような相談でも良いかもしれません。一番大事なのはお互いすっきりと円満にお引き渡しを受けることだと思います。

契約書は隅々まで良く読んで,それから判を押すようにとは良く言われることですが,現実にはなかなか難しいですよね。
法律上は書面と印鑑の有無は非常に強力になります。
ただ,消費者はプロよりは弱い立場との観点から,契約書を交わす時点での説明義務,説明責任が業者側にはあるとされています。
それで,途中の話し合いの過程は良く分かりませんが,窓の件について何度も話し合っていたのであれば,契約書を交わす時点で,窓が無くなったことの説明が十分になされていたかどうかは争点になるかと思いました。
これも言った言わないの水掛け論になる恐れがありますが,担当営業マンが説明しなかったことを認めるのであれば,何らかの解決策はあるかもしれませんね。
行政の無料法律相談に行って聞いてみるのも一法かもしれません。
なお,窓の後付けは,構造上の場所の制約はあるとしても,物理的には不可能ではありませんので,費用はだれが負担するかは別として,諦めることはありません。

友人の弁護士に会う機会があったので尋ねてみました。
やはり,契約書を交わす段階で業者側の説明義務があるということです。
当初から窓を付けるということで話が進んでいて,契約書を交わす段階でそれが無くなったということであれば,その経緯や内容を業者側は施主に十分説明する義務があったということです。
それがなされていなかった場合,またそれを業者が認める場合には,窓を後付けするなりの費用を請求できるということです。
仮に，構造的にそれが難しい場合には,それ相当の慰謝料の請求ということになります。
業者側が十分に説明したと主張する場合は,証拠の有無で対応が難しくなるかもしれません。
契約を交わした時の営業マンにその点を確認して,できればそれを書面であるいは録音して証拠を残しておけば,今後の話し合いで有利になるでしょう。
現在,調査してもらっているということは,営業マンは説明は十分にしなかったということを認めているのでしょうかね。
もしもそうであれば,それを何らかの形で証拠として残しておけば,今後は有利に話を勧めることができるでしょう。