見た目が気になるということでしょうかね。
ホームセンターに行って,木目のクッションフロアを買ってきて,自分で丁寧に貼ればとてもきれいになりますよ。
トイレの面積ですと費用も微々たるものです。
厚紙などで便器の型を取ってやるとうまくいくでしょう。
カットアンドトライになりますが。
詳しいやり方はホームセンターで教えてもらいましょう。
今から業者に直してくれというのは少々酷かな。
あるいは上記の方法でやってもらえるよう業者に依頼することもできるかもしれません。

残念ながら、現状で引き受けていますので、補修該当事項がない様においます。
アフターサービス外、不具合でもない。当初からの施工ミスを引き受けたことになるかと・・・・・

ｊｐｋｅｎさんの言われるように自分でするか、　　
巾木・・・・ボンドで張るだけです、L４ｍで５００円ぐらい。
床クッションフロアー・・・・・・切って貼るだけです。平米２０００円もあれば・・・・
接着剤・・・、シーリング材程度で可能ですが・・・

業者にお願いして取付床補修して取付直すのであれば、
便器を節水型にやり直すかのとあまり変わらないかもしれまん。

１０年前ぐらいに一時あったフローリングを使ったタイプですね。尿はねで、便器に付着した黒汁が床を汚したケースがあり、現在は、クッションシートが主流です。

１０年前だと８Lぐらいのタイプでは？現在は、４Lタイプが主流となりつつありますので、便座等の故障などの際に検討されたらいかがですか？