基礎幅が120ではなく 100のように見えますので
左はわざと少なくしているのではないでしょうか？
推測ですが、玄関等のタイル貼り代等を考慮。
通常は右も左も同じの場合が多いですが
偏心もあります。
今の住宅の基礎ですべて100幅ってあるのでしょうか？
あれば、基礎幅と土台幅を正確に合わせないといけないので
工事業者は相当難しい工事になります。
ですので、多少のズレも考慮して基礎幅を
大きくするのが通常と思います。

アンカーボルトに関しては、一般的にたくさん入れてる傾向にありますので
1本位大丈夫と思います。もしそれが納得できない場合は
後 2本くらい アンカーボルトを増やしてもらうといいです。
本来は一本で良いと思いますが、そのやり方を見ると
２本ある方が納得と貴方様は思うのでは？と思いました。

数あるビルダーの中からこの会社を信頼できると
見込んで契約されたのですよね？
であれば、少しは信頼されて、どうしても納得いかないところだけ
色々聞くようにしないと 今後 疲れますよ。

建築基準法では柱の下には基礎を入れないといけないのでグレーだけど、全くないわけではないので、深刻な不具合はないだろうね。心配するような内容ではないと思う。

今は木の土台がプレカットでとても正確にカットされてくる。一方、基礎は現場施工だから誤差が出る。ほんとはかぶりも考えると土台が120なら基礎幅は150とかにしたらそういう誤差を吸収できるんだけどね。どっちにしても仕上げで見た目は調整するようになる。
タイルしろで偏心させる話は土台幅より基礎幅が大きい時などに玄関周りや浴室まわりでやるけど、土台より小さくは普通しないよ。

アンカーボルトは一本二本の話じゃなくて、耐力壁両端の柱付近と土台の継ぎ手の双方、あとは1820ピッチ以内になってるのが理想かな。それがなかったり、偏心し過ぎている場合は場所により設計者と相談するのが良いかな。基礎工事の施工精度が多少低めかな？