>３階の、四隅の一つの柱が上下2.4mで、13mmも傾いていました。
>四隅の柱が傾いていて、全体のバランスは悪くないんでしょうか？

　読む限りは、1本ですよね？傾いているのは。
よくある？ことというと、失礼ですが、「継ぎ手」の部分の些細な伸び、木組を組んだときの、些細なずれ、ゆるみ・・・等のことは、最近こそ「プレカット」が普及して、少ないですが、長い距離になれば、13mmなら、ままあります。プレカットとて、機械の調整、羽の摩耗とかで、春と秋とでは、違ってくる場合すらあります。
　また、築8年というより、完成した時点で、内壁・外壁等、すべての部材が張られた時点で、構造的にはしっかりと固まっている。と考えられます。心を病むほどの動きは無いと言えます。

　また、今回の

>３階を中心に、２階、１階に、クラックが出始めました。

のような事象の原因は、柱の傾きとは無縁と考えます。
　木材・建材・表面材等の「乾燥収縮」と考えます。

>傾いている柱は、今回の柱が一番傾きが大きいです。

一本であれば、・・・・・　ということでしたが、
数本でほぼ同じくらい・・・でしたか。
一応、その方向（傾いている方向）ですが、まちまちの方向ですか？
それとも、みんな同じ方向？
　まちまちなら、「大工のスキル」の問題に終始するように思いますが、
同じ方向であれば、必ずしも大工のスキル以上の問題を含む可能性が、無いわけではありません。
　その場合は、お近くの「建築士」「ホームインスペクター」などに相談の必要もあるやもしれません。（新築時の工務店との関連が無いことが望ましい）

　梁の写真は、クロスの収縮の開き等に見えます。

栃木さま　フォローをいただき、ありがとうございます。

　今回のご相談に関して、別に不安を煽るつもりはありませんので、あくまで、可能性の話です。
何かの原因があって一方に傾いた可能性があるという話です。

　なぜ、まちまちの方向なら、大工のスキルだけの話か？
大工の「墨付け・切り込み」また、「建て方」の段階で、その技量の差による、誤差が大きめになっている。と推測しました。プレカットでもあり得ます。
　では、同じ方向なら、上と同じような原因、の他に、一方に傾く大きな力なり、原因の存在がある可能性があるということです。それの特定は不可能ですので、
「可能性」と、「第3者の関与」をおすすめした次第です。

>これらHPから、近くのホームインスペクターさんに、

相談した方が良いと言うことですね。

自分でこのように発言されていますし、
Googleもありますし、
相談先のURLも記載があります。
公の場所では、どこが良いとか具体的に
示せません。ご自分の手で
探して依頼ください。
ヒントは十分書かれています。

だいぶお話が進んでしまっていてさぞ不安な気持ちになってしまっているのかも知れませんが、正直なところ厳密に大丈夫、大丈夫じゃないという確定的な結論なんて、この情報量では出ません。ただ何か根拠のある可能性だったら良いのですが、根拠もなく可能性を語るとそんなものは無尽蔵に出て来るので、不安になってしまうだけかと思います。考えすぎない方が良いでしょう。

ぼくの主観的な感想ではナーンにも心配なんてないんじゃないかなって思います。１枚目の写真ですが、１３mmずれた、傾いたっていうのはどこ基準でそうなんでしょう？それは誰にも分かりません。上下に７mmづつずれたのかも知れません。ずれたのではなく、ねじれたのかもしれません。それらが総合して１３mmの誤「差」がが出ているって事ですよね。数値としては大きな「差」ですが原因によってはありうる数値だと思います。

まずホームインスペクションをしても現地調査だけでこれが深刻な問題なのか、安心できるのかの確実な回答はでないと思います。ボードを剥がして裸にすると少しわかるかも知れません。でもそこまでする心配ないんじゃないかと。

３階建てであれば、構造計算をしてある筈です。その内容に間違いがないか。その通りに構造的な耐力壁や金物が施工されているのか。この確認が第一だと思います。それの確認がとれれば倒壊などの構造的な深刻な問題はほぼ考えなくても良いと安心ができるのではないでしょうか。

恐らく小屋梁レベルの床面の面剛性が足りないのかと思います。壁面は構造用合板などで剛性が取れていると思います。（大きな窓などが多い面は弱いかも知れませんが）床面の剛性もネダレス工法が今は主流ですので、おおよそは大丈夫なのですが、３階は勾配天井になっている様子なのであえて小屋裏を４階と表現すると、４階の床がないのでそこは硬さが他と比べて弱いんですね。ですから本来は火打と言って斜めに材を入れたりしたいんですけどそれも入ってなさそうです。そこで動きやすいので、ひび割れなどが起きたのかと思います。
私は専門外ですが、構造計算上は屋根の野地板で最上階のめん剛性を取ることができるようです。ただ実際は、３階の柱と４階の柱は小屋梁によって２本に分かれているので、完全には固まらないんですよね。高さも高いと動きやすいです。鉄骨やRCと違い木造は動きますので。大きな空間を作ればヒビは入るとおもいます。

一般的によく木が乾燥収縮して行くと、建前のときに締めたボルト類がゆるんで甘くなるって言われます。僕もそういうボルトを見たことがあるのでそれは本当だと思いますが、逆に年月が経っている方がどっしり落ち着くイメージがあります。これは根拠なくインスピレーションですが、実際震災のあったときに、築１〜２年の家は多くヒビが入りましたが、５〜１０年くらいの家はヒビが少なかったです。なので、築８年ということなので、だいぶ構造的にも落ち着いてきており乾燥収縮も収まっているかと思いますが、その状態で単純に形状的な動きが純粋に影響して歪みが出てきたんじゃないでしょうか。この動きを止めるかどうかと、構造的にどうかはまた別の話だと思います。そういうところまで考えて問題ないと言われているのか、単純に何も考えずに行っているのかでは無いでしょうか。