決して居直りのように言うのではありません。
「クロゼットの天井を、2500mmにする。必要はなんなのでしょうか？」

居間、居室などは、確かに天井高を高くすると、「開放感」があります。
広い部屋を、天井を上げると・・・・・開放感が増す。のです。
逆はどうでしょう？
必ずしも・・・ですが、開放感は必要ありませんし、気持ち的には「洞穴の底」になりませんか？
もう一つ、どうしても、長いものを収納する必要があるのでしょうか？あるいは、高い所に狭いところで、上げ下ろしするものがあるのでしょうか？

恐らくですが、施工業者としては、その辺の配慮をしてのことかと思います。

>素人考えですがクロゼットの高さも部屋と同じ2500ｍｍにした方が建てやすいと思うのですが

あえて言えば、決して「建てやすい」ことはありません。施工法にもよりますが・・・・

> 部屋の1，2階共天井高さは2500ｍｍで当初から話を進めています。

文面から読み取ると、標準的な仕様としては天井高2500ではないのでは？廊下やその他のトイレや水回りは2300もしくは2400なのではないのかな？と思いました。その中で、「部屋」の天井高を2500にするというお話ですからその解釈の違いでお互いの認識がちがってしまったのでは。部屋を居室と捉えて収納内は2500にしなかったのかもしれません。想像していたのと変わっているとそりゃびっくりしちゃいますよね。曖昧な言葉の意味に対して、施主側としては確認不足、施工側としては説明不足からなるトラブルのように感じます。

> クロゼットの高さも部屋と同じ2500ｍｍにした方が建てやすいと思うのですが建てる側にクロゼットの高さをわざわざ2300mmにする利点はあるのでしょうか？

状況によって様々です。耐火建築か、準耐火仕様か、非耐火かによって、どちらが作りやすいかは全く逆になったりします。天井高がどうかによって、梁をどう組むかとか、配管や配線をどのように通すかの計画も変わってきます、ただそれによって極端に作業が楽になったり、極端に原価が減ったりはないので、悪気のあることではないかと思いますよ。クローゼットの扉の高さに合わせたのかもしれませんね。クローゼットのハンガーパイプの上に枕棚などがついているのであれば、天井が高い方がより収納量は増えますよね。ただそれだけ大きくて重いものを上の方に出し入れするのは不便ではあります。

なぜそうなったのか、高くはできないのか？あと、ご自分が高くしたいのか。よくご確認されると良いと思います。