ご質問を読む限り、まだ　「完成していない」と思われますが、違いますか？

とすれば、サイズに関しては既存建物にキッチンを合わせる？ことができなければ、キッチンに建物を合わせることは、できるはずですが、いかがでしょうか。
引き出しの件は、写真が残念ながらみれませんので、不明ですが、
吊り戸棚の立て付けは、調整の機構がついてます。不安要素は無いと思います。

完成引き渡しまでに、お互いに相談・打ち合わせをして、良いものにする余地は十分にあると思いますが、いかがでしょうか。

途中の段階で、あまり目くじらを立てる対応は、感心しません。
あくまで、冷静に対応をされることをおすすめしておきます。　　　

　　

お気持ちは理解するとして、冷静になってください。
ことば遣いにお気に障る部分があったのであれば、おわびいたします。

　決して一方的に悪いとは、言っていません。
　写真を見ることができませんので、何とも言えないのでが、
施工者との相談、要望などがまだ、間に合うのではないか？ということです。
現場の大工さんなどは、意外にきさくに相談に乗ってくれます。
「気になるのよね？この飛び出たところ、目立つわよね？」のように持ちかけて見ましょう。

　カウンターを作り直すことも、もちろん一案でしょう。
他に何かの対策もある可能性も高いのではないでしょうか？
途中であれば、「先々こうしよう。」という前に見ている可能性もあります。
写真、図面、メモ書きなど、参考になる情報が欲しいところです。

　ちなみに、私はこの道は長いですよ？リフォームの経験も当社では多い方と自負しておりますが？年だけ重ねているだけかもしれませんがね・・・

りささん、お疲れ様です。
このキ?４４さんという一般回答者はボランティアや良識を持って回答をいただくというよりは、あくまで自己満足、知識の自慢に主を置いた回答が多い方です。
経験が長いとか、リフォームたくさんやってるとか根拠のない言葉でしか自分を話せなくて基本的に素人である施主側が悪いという言い回しの多い方です。アドバイザーやほかの一般回答者の中にはもっと知識や経験が感じられて親切な方もたくさんいます。
私は施主もある程度、勉強はすべきだと思いますが、わからないことだってたくさんありますよね。そんな時、どういう点を誰に確認すればいいのか。そういう視点でご相談なさると良いかもです。
ほかの親切な方のご意見を待ってください。お互い納得いくすばらしい生活を手に入れましょう！

　心中お察しします。家を買う、建てると言うのはとても大きな買い物です。それに建築工事をお願いするという事は、ほとんどの方が初めてなので不安になってしまいますよね。
　まずぼくの個人的な見解なのですが、不動産業者は不動産を売買、運用をするプロであって、建物自体の建築工事やその後の修理は全くもって専門ではありません。知識のあるないはあると思いますが、大体の不動産業者さんはお客様と同じ「どうしたいああしたい」だけでその「したい」を実現するために具体的にどうできるかって言う知識はほぼありません。なので、不動産業者に工事をお願いしちゃいけません。契約しちゃいけないってすれば良いのにとも思います。しかしながら状況的にそうのようにならざるを得ない状況の場合、不動産業者・施工業者と施主、三者立会いで要望などを伝える場を設けることが大事です。不動産業者はそうした方が良いという考えも無いでしょうから、こちらからいうしかありません。施工業者も気の利いた担当であればその方が早いと思っていると思います。なので、今回のおおよその不安を不動産業者に事前に伝えた上で、現地で施工業者も合わせて確認がしたいということを伝えてみてはいかがでしょうか。大工や施工業者に直接要望を伝えることはやめておいた方が良いと思います。直接契約関係がない訳ですしトラブルの元です。よく教育された職人ならできれば元請けに話してほしいと言われると思います。

　単純にキッチンカウンターが2600であれば、キッチンは2550を頼めばおおよそ問題はないと思われます。ガスレンジサイドのキッチンパネルや手前側サイドの化粧パネルをつけたとしても、2580ほどで納まるのでわざわざ特注にしなくても良いのかなと思います。ただリフォームの際は元々のものと同じ大きさのキッチンをつければ良いという訳じゃなくて、消防やレンジフードの納まりなどが新しく交換するときにひと工夫必要な場合があります。
　また対面キッチンの場合、キッチン本体とその対面壁の納まりはいろいろなパターンがあります。確かにキッチンの裏の木が見えるような納め方はしませんが、正確に言うと、キッチンカウンターの下の壁の部分の寸法とキッチン自体のワイド寸法はぴったり同じだと納まらないんですよね。どっちかを大きくします。多いのは壁側を大きくする事ですが、それだと巾木を小さく留めでまわしたり仕事が細かくなるので、キッチン側を数ミリだして（チリをとると言うのですが）納めることもあります。もしかすると今回の例は、キッチン裏の見えてる木の部分に巾木（壁と床の間にある見切り材）をつけて木を隠そうとしているんじゃないかなと思いました。なぜキッチンの方が出てしまったのかは分かりませんが。

　引き出しはキッチンの引き出し同士であれば多少調整ができます。。扉もけっこう調整がききますので、取り付けた方が完了後に調整しなかったのでしょうかね。リフォームをする際は築年数によって、床にデコボコがあったり、壁や天井の高さも均一じゃなかったりするので、床や天井側で調整するのか、キッチン側で調整するのか、判断が難しく調整がまだ終わっていないのかもしれません。

とにかく施工のわかる施工業者の担当の方と、直接の依頼先である不動産屋さんに立会いしてもらって、心配なこととどう直せるのかを相談してみると良いと思います。こうなっている原因にもよりますが、キッチン自体を発注し直して交換をしたり、キッチンカウンターを交換したりという工事はけっこう手間がかかるので嫌がるかも知れません。先ほど書いた見えてる木を隠す方法や、短い壁を付け足して伸ばしクロスだけ貼り直す方法など、工事の内容にはいくつかあるかと思いますので、納得いく形を施工する前に確認できると良いと思います。がんばりましょう！