人が作るものなので失敗はつきものなんですが、残念なことが起きてしまいましたね。心配なのは接着剤を使用してくっつけてあるものを剥がす時なんですよね。その主なものがフローリングです。巾木なども接着してますが、裏は石膏ボードだと思うのでどうにでもなります。フローリングは下地が合板なのでボロボロになりがちです。家に対するダメージ=構造的なダメージと受け取るとそこまでの心配はないかと思いますが、何しろ凸凹になるので綺麗に平らに仕上がるのかという心配と床鳴りのリスクが出てきます。どこまで丁寧に手間をかけてできるかだと思います。
ドア枠をノミでっていうのはよくわかりませんが、しかしたらドア枠にも接着剤を使っていたのかもしれませんね。

交渉の仕方というかもう張り替えることは決まっているようなので、念のため、床鳴りや不陸に対してはどの程度対応してもらえるのかの確認は必要かと思います。こういうことがなくてもその辺を保証対象に入れてないことが多いので、今回のことが原因でそういった不備が起きても対応してくれない可能性があります。ぼくだったら自分の間違いであったとしても一度は張り替えずに何とか済まないか駄目元で施主に交渉するかもしれません。