鼻板というのは、多分、破風・ケラバの事と推察します。パテで
補修うんぬんとありますので、きっと何か「色」がついているのでしょうね。
「穴」といってもどの程度の大きさなのか判りませんが、パテ補修して塗装をしても目立つようなものなのでしょうか？
いづれにしても、「程度」の具体が判りませんので、その点が「ミス」かどうかの判断は留保させてください。ただ、致命的な欠陥ではなさそうです。

工事途中で何があったのか判りませんが、お互いに少々、感情的になりすぎている印象を受けます。工務店さんの味方をするつもりはありませんが、破風をパテ補修してそれが「ミス」なのだから引渡しは受けない・・・・。と言われれば、先方の態度が硬化するのもうなずけます。

引渡しを受けなければ、sunamoriさんも新しい家に住めない訳ですし、万が一、訴訟などになってしまえば、双方の経済的・精神的な負担は大きいと思います。また、仮に「破風を補修した事」その事自体が争点であれば、致命的な欠陥とは思えませんので、sunamoriさんにとって、分の悪い戦いになりそうです。

「破風」の事だけでなく、sunamoriさんにとって、他にも様々な「腹に据えかねた事」が積み重なった、感情的なもつれのような気がしますので、まずは、冷静に話し合われては如何でしょうか？

「これぐらいの施工ミスは発生するから自社には何の責任も無い」と言い切ってしまう工務店もいかがかとは思います。が、確かに「住宅」は人間のやる仕事ですので、悪意の無いミスは発生しがちです。悪意の無いミスはそれをカバー、フォローしてくれれば、それはそれで許容しなければ、ほぼ100％、日本の住宅は欠陥住宅になってしまいます。

クールダウンして話し合われてみてください。
お答えになっているかどうか判りませんが、、そんな印象を受けました。