お写真が具体的にどこの部分なのかと、全体像がどうなってるのかがわかりませんが、柱がなくなった状態で構造的に大丈夫なのかを確認できれば良いと思います。部分的な問題で行くと、柱と柱の間隔が広くなるとその上に乗る梁も太くする必要があります。元々梁がギリギリの太さであれば太くする必要がありますし、余裕のある太さにしていたら、そのままでも問題がないかもしれません。基礎をはつるのはあまり関心はできませんが、その上に乗る土台ごと撤去されているんですかね。最終的に完成された基礎と柱梁の構造が大丈夫なのか？という確認が必要だと思います。

図面と異なっていれば、良心的な対応をすればそれは当然お施主様に報告すべきですが、些細な変更で下手にお話をして不安な気持ちにさせてしまうようであればわざわざ話さないこともあるかもしれません。今回のケースは後から発覚した場合、(まさに今回そうなっていますが)無駄に猜疑心が生まれてしまいますので、ぼくなら、シャワーブースが入らないとわかった時点でどのように入れるかを事前相談すると思います。しかし、その対応には正解はなく、個人差があるかもしれません。
ミスに対してはそれに対応することで補うのが通常と思います。罪を犯したわけではないのでペナルティとなると、仕事上、大変きついです。もちろんこの柱を抜いた作業が建物の構造的に致命的な影響を与える場合は、会社や監理者は何かしらの処置がされると思いますが。本来、このような構造的な判断は現場監督や大工などがする立場にないのですが、多くの設計施工の建築会社は設計者にそのような現場の納まりやイレギュラーな対応に未熟な方も多いです。そんな時、こちらのアドバイザーの方々のような建築士の先生に相談をされるのが良いかもしれません。

なんにせよ、構造が変わったのだから、その新しい図面を書いてもらってください。どちらにしても確認申請とも違うので、計画変更の申請が必要です。その図面から構造的な確認を第三者に見てもらっても良いかもしれません。