＞砕石厚さが規定に満たしていない、且つ根入れ部分に至っては砕石を敷いていない

前段の部分と、後段の部分が、少々矛盾しますので、ベタ基礎下の砕石の厚さにムラ（一部薄い）があると解釈し、「一般的」なお話として、ご説明します。

単純に解釈すれば、不同沈下のリスクがあり得ます。しかしながら、そもそもの計算根拠となるボーリングがあそらく、５か所程度であろう事、計算用建物荷重や地耐力が実際の数値よりは相当に安全側に想定しているであろう事などを鑑みると、あまり細かな数値に神経質にならなくても良いように思います。

そもそもの設計図書との数値（基準）とは異なる、、、という一点については、確かにその通りなのでしょうが、実際の現場では、精緻な作業が難しいのおで、余力をもって基準は作ってあります。
また、沈下量に関しても決して「０」を措定している訳では無く、生活に支障ない程度の沈下は許容されています。

仔細は個別のお話として計算してみなければ判りませんので、具体のデーターがあれば、どなたか、計算の出来る方に依頼されてみては如何でしょうか？

おそらく、溝状になっているところに、切り込みが入っていないをご心配されているのかと思いますが、ここは多分（図面を見ていないので）地中梁の部分ですね。

ここは根入れ部分というより、底盤全体を支える、凧や傘の骨にあたる部分で、仮にこの部分の地耐力が「0」であっても、全体にさほど影響はないでしょう。ましてや「これが原因で」不同沈下する可能性は低いですね。。

＞考えられる問題とその問題の大きさは如何なものでしょうか？

ということで、、、問題の大きさは、、、、「小さい」とお答えしておきます