＞雨水が溜まるなどは、瑕疵担保責任外

まさしく、この一点が、論議の焦点にいなりそうですね。

実は「瑕疵」に定義というのは、あるようで無い、、というのが実態です。
法令違反などの客観的瑕疵（誰がみてもダメだよね。。）は判りやすいのですが、
主観的瑕疵（立場によって、住宅の基本性能を損なうかどうか、判断の別れるもの）が、揉め事の火種となります。

昨今のご時世で、権利意識だけが増長し、時に常識外の物差しをお持ちの方がいらっしゃるのは事実です。

残念な事ですが、降りかかった火の粉は、振り払わなければなりません。

金銭的負担も伴いますが、出来るだけ早めに（論議が混乱する前に）、弁護士さんなどに依頼して、防御の壁を高くする事をお勧めします。ハードルが高くなれば、先方も対応を考え直す可能性があります。

一点だけ、、、恐らく、仲介さんはお一人だと思いますが（両手取引と言います）、その場合仲介さんは、あなただけの味方ではありません。先方の味方でもあります。いわゆる、「利益相反」の立場で関わっていますので、ただただ、双方の間をウロウロし、自分は関わらないような立ち位置に逃げようとします。その点、「専門家」だから、、、などと、あまり過大に期待されないようにしてください。