1枚目の写真ですが、これが普通かどうか？新築の施工方法でいえば通常ではないかも知れませんが、その時の改修工事の状況や周辺の納まりなどで臨機応変に対応する場面もあると思うので、問題はこのことにょって、床なりや床の弾みなどが起きているかどうかではないでしょうか？通常、根太と土台の間には大引が入っていますが、おおよそ3尺ごとに入っています。根太がもっと大きな寸法で飛んで島ていたら上記のような支障が出てくると思います。ただ、根太の上に合板などを重ねて補強をしていたら大丈夫な事もあるので、大事なのはマニュアル通りに施工することよりも「支障が起こらないようにどう作るか？」って事だと思います。

2枚目の火打欠きですが、今でこそこういった部材の欠き込みはお客様も不安になりますし、少なくなっていますが、昔は当たり前のように欠き込みしてましたよね。配管が通らないから欠き込もう、配線が通らないから穴開けよう。今でもきちんと現場管理されていないとそうする職人さんは少なからずいると思います。火打ち土台の場合、要は変形をしにくくする意味合いですので、根太を通して間接的にはなりますが、その上の床が重ねて貼ってあればそう簡単にその角が変形することはないのかなと思います。

３枚目の写真は柱と柱の間に挟まっている梁がねじれたり反ったりしてそのように見えているんじゃないかなと思います。写真だけではなんとも言えませんが、吹き抜けや階段部分では多く見られるケースだと思います。柱が本当にくの字になっていたら、建物全体的な歪みになってくるので、壁に貼ってあるボードなども浮いてはがれて来ちゃうと思うんですよね。