平面的な配置がどのようになっているかわかりませんが、要するにハウスメーカーとそれとは別の外構業者の施工した縁石の高さがちがってしまうので、一部斜めに施工せざるを得なく、その段差は許容範囲か？というご質問ですよね。

回答としては誤差なんかではなく、そこはぴったりと合わせることは可能です。どのような経緯で２者にそのように工事を任せる様になって、先に外構業者が施工することになったかわかりませんが、ハウスメーカー側としては確認申請上の内容に沿って、決まった高さがあるのではないでしょうか。建物の周りの地面の高さなどは、申請時から配置図に記されていてその通りに施工をします。別の外構業者にその配置図などの図面が言っていなかった、あるいは見てもわからなかった、となると、その辺の2業者の調整は設計監理者がいればその監理者が行なうべきですが、ハウスメーカーだと設計施工での請負契約となっていると思うので、他社の工事にまでは関与せず、結論として施主自身がその調整を行う必要があります。ハウスメーカー側から高さの指示、あるいは外構業者側から高さの確認があればよかったのですが。施工誤差と言っているのは、決まった高さを確認せずに施工してしまったためだと思います。ただ単に工事に入った際の土の高さを基準に縁石を施工したのでしょうね。

あと工事となったハウスメーカー側はその３cmを外構業者側の高さに合わせて施工するのは何か問題が発生するのでしょうか？３cmくらいであれば図面と高さが違っていても大丈夫な気がするんですが、手固いメーカーだと図面通りと言われるかもしれませんが。それから水勾配などで問題が出てくるようだと、完全に外構業者の配慮不足だと思いますが、ただ、2業者に個々に工事を頼んだ場合、その調整による責任は両者にも問えないと思います。