実は、私の苦手分野ですが。深入りしません、モードで。

　まず、「火災警報機」問題ですが、
図面上は必要な数を把握してください。
　寝室、階段、台所　などにつけたとしての数です。
現在　ついている場所、数を確認します。
　見積もりで、最初の必要数であれば、当然、そのすべてに、今からでもつけるべきです。
　見積もりが、多い数で、実際数で十分なら、差額をどう処理するか？だと思います。（返金とか、値引きとか、他の物に充当するとか）

　ちなみに、電池で、各機器が独立しているタイプの物なら、
ホームセンター等で購入して、自分でもつけることができます。
　見積もり数を無視して交渉して、後に自分でつける。選択肢もあります。

　書類・はんこ　問題ですが、
良くある　というと語弊はありますが、よくやることではあります。
あんまり、悪気はなかったと見られます。
　でなければ、だまってでも、言ってでも書類を渡してきません。
逆に、「お客様の手間を省いてやった。」みたいな　よかれと思って・・・なんて言うクチでしょう。（結局は自分たちの手間を省いてるんですけど）

　最初から、高飛車でなく、「あれ？見たことないはんこですね。
作ってくれたんですか？で、当然、工事終わったし、くれるんでしょう？」
と言ってみましょうか？これで、悪用される恐れは減ります。業者も、意固地になって、渡してこないこともないでしょう。
　ついでに、問題のはんこを押した書類の説明を受けましょう。
「このはんこ、どれに押したわけ？どんな内容なの？」みたいに、
うまいこと、乗せながら言って角たてないのが、利口かと。

　自分を筆頭に、意外と乗りやすく単純な人種がこの業界は多いですから。
　

火報に関しては、寝室（居室）、台所、階段などに設置義務があります。細かな設置場所や報知器の種類についての運用は行政（市町村）によって微妙に異なりますが、だいたい、＜そのあたり＞に設置されていますので、もう一度確認してください。設置されていなければ、当然、その分の費用を返却して貰って宜しいかと思いますが、、、1箇所、、どうでしょう数千円程度でしょうか？（多分、単価も書かれていると思います）

印鑑については、既に弁護士さんにご相談されているようなので、業界的な「事情」のご説明のみ。

印鑑について、このようにトラブルになった状態では、「偽造」と言われても仕方ないと思います。
手続き上は、竹沢さんのおっしゃる通り「慣習として普通によくやる事」です。弊社でも、あくまでもお客様に確認・了解をとった上で、三文判を作成し、それで、手続きを進めさせていただいております。弊社の事務机の中は、、ハンコ屋さん並みに、いろいろな苗字が揃っています。
（正確には、「委任状」を頂戴し、その上で仕事を進めています。）
その説明が無かったとしたら、これは、法的に施工者（正確には設計者）の手落ちと判断されても仕方ないですね。少なくとも「悪意」をもった「偽造」では無いと思いますが・・・・。

トラブルが無ければ、結果として何も問題ないですが、厳密な企業コンプライアンスとしては問題ありです。特に中小工務店、中小ハウスメーカーでは、「慣習」として、このような行為が残っているのも事実です。

「家を建てる」という結果を前提にすると、お客様の「権利」を害する事は無いのですが、なかには、全ての「経緯」を確認したいと言うお客様もいらっしゃいますので、その場合は都度ごとにご説明し、押印いただています。が、当然、諸手続きには必要以上の時間がかかります。

失礼を承知で言えば、とりちゃんさんのように、いろいろな事柄に関して「過敏」な方も、お客様の中にはいらっしゃいます。中小の工務店・ハウスメーカー・不動産屋さんには、このあたりの顧客対応（説明義務）が幼稚な会社が多く、リスクヘッジが充分ではありません。ここに寄せられる相談のほとんどが、説明不足によるものと思います。これは今後、業界として取り組まなければなりませんね。

客観的印象としては、元々は「日当りうんぬん」から派生した事で、それも今となっては「不可逆的」な事です。更に加えて「見積書の錯誤」や「説明不足」を論拠にいまさら（竣工・引渡し後に）、責め立てられるのも、少々、可哀相だな・・・でも、、手続き上の不備ある限り仕方ないのかな？？？というのが、複雑ながら、、、、率直な印象です。

これも、こちら側の「業界人」の感覚なのでしょうか・・・。自省も含めて・・・。