福地様
現場監督Ａ様

お世話になります。
今回、このサイトでこの質問をさせて頂きまして、両先生にアドバイスをいただきました。その後、事前の知識を持ったうえで、ハウスメーカーに同様の質問をさせていただきました。その結果、以下の回答がありましたので、報告させていただきます。両先生のアドバイス下さった内容に沿った良心的な回答だと思います。
この回答に何かコメントを頂けますと幸甚です。宜しくお願いいたします。

-------------＜以下、回答です＞--------------------------
さび部分について

　基礎施工時の型枠を固定する為のセパレーターという部材の残りの部分になります。基礎コンクリートから飛び出した部分は除去できる構造になっていますが、基礎内部に残りの部分は残ってしまいます。弊社ではその部分にさび止めスプレーの塗布を行っており、グレーに色が付いている部分がスプレーを塗布した部分になっています。さびが発生しておりますので、再度塗布を行わせていただきます。


基礎に穴をあけガス管を通している件

　現在設置してあります配管を移設後に、タフロンウッドにおきまして、土台部分の補修工事を行わせていただきます。


配管のコーキングについて

　配管周りの隙間は基礎左官時にモルタルにて塞いでおりますが、内部からコーキングにて塞がさせていただきます。