文章から状況を読み取ることが困難ですね。。写真か、せめて簡単な絵か図などあればいいのですが。それから、最終的にどうしたいのか、築年数や経緯もわかると、状況を把握し易いかと思いました。

単純に、仕切りを作り直してかつ通り抜ける空間がほしいのであれば木造等で作ったほうが短時間で安く上がります。

耐震補強もしたいのであれば、建築業者等に相談したほうが確実です。

ちょっと簡易的すぎて分かりにくいのですが、まずブロックの壁の上に生コンクリートのスラブを打ち込むというのが、施工的にないと思うんですね。それだったら壁も打ち込んじゃうんで。なので現状どうなっているのかが不明です。元々の2台分のスパンがコンクリートでできていてただの仕切り壁としてブロックを積んだのなら施工的にはあり得るんですが、あくまで二つの車庫がくっついているんですよね。ブロックの上にあるのはデッキプレートかなんかですかね。
それと構造を機にするのはたわみやひびなどが起きているんでしょうか？この車庫の上には建物などが乗っているのでしょうか？

>意図的にブロックとブロックに間をあけて、そこにコンクリート流し込んでも変化ないでしょうか？

コンクリートの分強くなるでしょうが、施工的に隙間なくコンクリートを打設するのが困難な気がします。後施工なら鉄骨の方が無難です。

>>それとも、ブロックではなく、コンクリートの方が強構造になりますか？

そりゃブロックよりも鉄筋コンクリートの方が強いと思います。

状況を一度専門家に見てもらうのが無難と思います。写真や仕様などもない状態でこちらで不確かな情報からのアドバイスではあまり参考にならないかも。