築何年ですか？
漏水の原因と漏水箇所は？（器具、排管）
クローゼット天井はあまり濡れていない？３時間も流れた水は何処にいったのですか？
原因と漏水箇所と被害状況ですが、明確でないとどこまで対策するのか不明です？

住宅での漏水事故は、水分の影響を受けますので、漏水範囲の壁も含めて確認が必要です。石膏ボード、ベニヤ等も・・
湿度（水ではなく）の高い部屋（洗面所、便所など）は、時間がたつと湿度の影響がしますので、水回り専用の石膏ボードやベニヤ下地材を使用します。
水回りは湿度に強い石膏―ボード（黄色でなく薄緑の）を壁に使います。

マンションなんかの洗面室など湿度の高い部屋は床配管の為一部ピットになっていて、その部分の床は耐水性が高い木質ボード（パーチクルボード）を使用します。（一般のベニヤと接着剤が違います）
石膏ボードは、基本壁下地材ですので、一般的には床には使用しません。
石膏ボードは、水に弱く、水を吸い上げますので、漏水事故等の場合水にぬれた部分や水を吸い上げた壁部分も濡れが無いか確認し必要があれば取り替えます。
写真では、壁の木軸が見え壁下地材が不明ですが、・・・石膏ボードを撤去したのですかね？

２階の漏水部分も、壁、床について、剥がしての確認又は、専門家による確認が必要かと思います。

二階の床も一階の床も
ミルフィーユのように何重かの構造になっているので
横に水が走っていると思います。
床上浸水被害でもそうですが
現実費用が邪魔して全ての床を剥ぐ事が困難です。
次次とめくる事ができるのであれば
大丈夫な箇所までめくり確認する方が良いと思います。
二階も一階も含めて。

床下地に石膏ボードは使用する事がありますが
こういう時は大変です。
漏水した時の事をほとんど考えないからです。
断熱材も使えなくなります。

床にPBを使うことは知りませんでした。勉強になりました。　
　
繊維とひる石等を添加したりして、耐火構造壁や破損が多い公共建築物等の壁として開発され、現在は床の遮音材として、も仕様があり、床用は接着剤も弾性がある様ですね。（タイプV、タイプv耐水の製品がある。）

防水ボードでなく耐水ボードですので、もともとPBは紙と石膏と水で出来ていて、水には強くありません。
湿度の高い洗面等に使用する目的で造られています。

木材等は元々含水があるので乾燥対応で来ますが、石膏は含水すると強度低下、カビ発生などで撤去が基本です。

２×４の場合構造壁（間仕切は除く）PBを内壁側構造面材としている場合がありますので、その際は取付け釘及びピッチが決められています。注意して下さい。

漏水事故は表面から見えないところがありますので、業者による確認とその後の発生の対応確認が必要です。

２×４の場合構造壁（間仕切は除く）PBを内壁側構造面材としている場合がありますので、その際は取付け（壁PB）釘及びピッチが決められています。注意して下さい。
のことです。

床は接着剤貼りでは？（仮釘？）

普段、木造の軸組が主なのでツーバイだと少し勝手が違うかも知れませんが、フローリングが貼ってあったり、床もネダレスで合板が貼ってあったりすると、漏水や雨漏りがあっても意外と水は染みずに流れてしまってそこまで濡れることは少ないです。グラスウールなども糖質層がついているので水たまりなどでなければそんなに濡れないと思います。ですから、水の流れた経路を推測してその辺を重点的に点検をすれば見えないところまで余計に壊す剥がすなどしてみる必要性は少ないんじゃないかなと思います。そりょ剥がした方が良いことには良いですが、お疲れのようですし、必要最低限となればです。
おそらくトイレはプールのようになったであろう事から床と壁の幅木の部分から壁中に水が染みていると思います。それからトイレ入り口に沓ズリなどあればそこから床板下のPBにも染みていそうです。１回には写真にも写り込んでいる配線や配管の穴から主に下に水が落ちたと思います。そこから１階天井の野縁面に水が貯まり、照明器具の穴から１回の床に水が落ちると思います。水の量が多いと野縁面を溢れて１階の壁中にも水が落ちて床下にも行っているかも知れません。

PBが濡れると他の方もおっしゃっているように強度が下がるのと、クロスなどもはがれやすくなります。なので、２階トイレの壁と、沓ズリ周辺の床PB、１階天井のボードを最低限張り替えるくらいでいいんじゃないかなと想像します。床は某かの関係でボードを貼ってあるだけなので強度は関係がないのかなと思います。なのであとはよく乾かすだけです。出来るだけ室温を上げながら除湿か換気を続けるのが良いと思います。

蛇足ですが、木造の場合準耐火や耐火構造にする場合に床にPBを施工します。告示にも出ています。ただそれは階層の場合なので１階の床にPB を施工した理由はわかりません。施工する場合はただフィニッシュ釘（針のような細い釘）で留めるだけの場合と、フローリングと同じように接着剤と併用してフィニッシュ釘で止める場合とあります。ビスを使うのは大サービスですね。接着剤を使用していると剥がすのはかなり大変だと想像します。。誰も剥がすこと考えて施工しないですからね。