お話から、土を介し構造物に伝わり床で共振している伝搬音かと・・・・

音的の対策は試行錯誤となります。これだと確たる方法はありません。

お伺いしたいのですが、
Q１、床に布団を敷いて寝ているときに聞こえる。とのことですが、例えば聞こえるときに、床に座っても音が同様な大きさで聞こえますか？
Q２、昼間（暗騒音が高いとき）床に布団を敷き同様に寝て、聞こえますか？
Q３、ブロアーと同様（浄化槽内のばっ気槽のブロア）音ですか？

宜しくお願いします。

Q１から・・
ブロアー音が土に伝わり、基礎から構造部材に入り床板を振動させて音として感じていると思います。

Q2から・・
直接の空気伝搬音であれば、昼間の暗騒音が高くても聞こえるのは、耳近くの床で共振して音が聞こえている。

可能性があるのは、
１、 床材の剛性を高め共振しない剛性とする。・・・・
原理的には床の振動防止が出来れば、音を感じなくなりますが、試行錯誤での対応となりコストがかさみます。

２、 対処的ですが・・ベッドを使い、床材から共振（と考えます）から少し離し（Q１回答から）出来るだけ高いベッドを使用して寝る。
音が減衰し聞こえなくなる・・試行錯誤となり、ベッドの高さ（距離）吸音の為カーペットを敷くとか・・床剛性を上げる（増し貼り・・等）とか

３、 浄化槽メーカーに聞き、ブロアーの夜間停止（タイマー等で）が可能か、曝気槽ですので、好気性菌の活動が弱り処理時間はかかる？？可能性はあると思うのですが・・・
※浄化槽メーカーに対処方法等を含めて確認してみてください
他にも考えられますが、コスト的に現実的では・・・・ない。とおもいます。