まず,下地合板が使ってあるということなので,強度的な心配はいらないと思います。
私自身は床なりは木造の宿命と思って,あまり気にしていませんでした。
床なりと思うと気になりますが,鶯張りと思うと誇らしい気持ちになりませんか。
私の田舎の実家は殿様の家を移築した武家屋敷でして,これは本物の鶯張りでした。
もっとも最後は床なり状態でしたが。
ピヨピヨがギーギーに。
それはともかく,床なり対策として,床を張り替えても,また同じことの繰り返しになりそうな気がします。
床なり対策としては,小さな穴を開けて接着剤や充填材を注入して止める方法もありますが,工務店の方で,釘で補修したいということであれば任せておけばいいように思います。
見た目や二次被害の心配はまず無いでしょう。
というか,私ならそのまま鳴らしておきますけどね。
不審者が侵入したときには結構役立つかも。(武家屋敷も同じ狙いがありました。)
家族の移動も分かるし。