似たような対応を昨年ですがしたことがあります。
台風のあと数日後にお施主様より屋根材が庭に落ちているということで、ご指摘いただき見に行きましたが、３階であったためにその建物の屋根であること以外、剥がれた原因は分かりませんでした。お客様とは保険の適用を確認してもらいつつ、施工不備が原因ということが確定できれば費用負担しますが、そうではない可能性も十分考えられますのでその場合は保険を適用くださいというお話をして足場などの工事を進めました。その時点で釘などを打ち忘れているなどない限り原因はわからないだろうなとは考えていましたが・・・。案の定、釘はしっかり打ってあり原因はわかりませんでした。通常の風で屋根が吹き飛ぶのは考えにくいので、何か強風で飛んできたものが当たって破損したのではということで保険支払いとなりました。保険屋さんの方は、原因のいかんにかかわらず前後の写真提出で問題なく保険金は支払われました。
保険を使用できるのであればそこを進めないと話は進まないのかと思います。今回の台風は特別でしたからね。工事をする際にたくさん写真を撮ってもらって原因と詳細にどこが破損してはがれたのかを記録してもらうと良いと思います。建てたハウスメーカーが信頼できないのであれば信頼できる他の業者に頼むのも有りですが、施工していない業者は有る事無い事なんでも言って逆に不安になってしまうこともありますから、なんとか建てたハウスメーカーに修理を責任持ってしていただくのが良いと思いますよ。