よくあると言えばよく見かけはしますが、2年弱ということであればコーキング打設時のプライマー塗布の不備の可能性が高いです。きちんと直すのであれば打ち替えが適切じゃないかと思います。

> 今後、その他のコーキング も剥がれてこないか心配です。

原因が、そもそもプライマー使っていないよということであれば他の部分も剥がれてくる可能性はあると思います。要は外壁の動きの問題なので、予測はできません。
たまたま今回の部分のみ塗り忘れていたり、雨に当たってしまったり、プライマー塗布後にすぐにコーキングを打設したり、そんな箇所だった可能性もあります。それはやった職人さんじゃないとわからないでしょうね。施工した工務店に原因と対処法を聞いてみては。

サイディングボードの目地のコーキングというのは隙間を埋めて中に水が入らないようにするために打っているのではありません。これを知らない人が結構います。このコーキングは塗装のされていないサイディングボードの断面からの吸水を防ぐために施工されているんです。ですのでこの隙間のまま、正しくプライマーを塗布してコーキングを充填するのは難しいので打ち替えが適切では、と記載しました。不備のある箇所を正しく施工し直せるのなら撤去範囲は縦全てでなくとも良いと思いますよ。
コーキングが正しく施工されていないと15年〜20年くらいで外壁の基材が痛み、張替えが必要になってしまいますが、その頃にはおそらく同じ外壁がないので結構困ります。