建築基準法では0.5回以上の機械換気を行うように規定しています。
本件の家の気積（断熱・気密層の内側の容積）が、例えば400?だったとすると、200?の実質換気量を確保しなければなりません。
これを第一種換気扇（同時吸排式で殆どが熱交換式換気扇）で行う場合は、かなり大型タイプとなります。

文章ではどのような配管になっているのかを知る事が出来ませんが、一ヶ所の熱交換式換気扇からタコ足ダクトを行った場合は、ダクトの曲がり数や長さなどで部屋ごとに異なる場合は珍しくありません。
すべてを同一換気量に調整するのは極め難しい作業となります。

本件ではどのような約定で施工契約を行ったのかが分かりません。
施工工務店としては、第一種換気扇と予備ダクト（第三種換気扇だと思われる）との併用で建築基準法の換気回数を確保させたようにも思います。

仰せのように施工者は、各部屋に適切な換気量を確保させる事が肝心なのですが、法的には家全体の換気回数・0.5回としか記載されていないの実情です。
施工工務店の誠意を引き出せるように、丁寧に要請して納得できる適切換気量を確保できるように整備して頂くもの、賢いお施主さまの手腕とも云えそうです。