一般の敷地であれば床面積に関係なく確認申請は通るはずです。
ただし長期優良住宅の場合は、読んで字のごとく長期間（以前は100年住宅と云われた事もある）にわたり住み続けることが前提です。

その敷地が将来的に都市計上の課題（例えば道路、公園、公共施設などができる計画など）がある場合は、長期優良住宅が建てられない場合があります。
それに関しては、ハウスメーカーでなく所管官庁に確認すべきです。

もし建てられないのであれば、ハウスメーカーに対して何らかの責任を負わせること（仰せのようなオプション等）も可能だと思われます。