現在、戸建を新築中で、来月引渡し予定です。

先日現場を見に行った際、クロスと床材が間違ったものが貼られていることが判明しました。
クロスに関しては、洋室2部屋、和室、寝室、リビングのアクセントクロス全てが違う品番のものが貼られていました。天井も違うものでした。
床材に関しては、1部屋のみ他の部屋とは床材を使用するはずが、全ての部屋が同じ床材になっていました。
原因は、ハウスメーカーの担当者と現場の人間との連絡ミスで、ハウスメーカー側が全面的に非を認めています。
そこで、ハウスメーカー側から、間違っている箇所のクロス、床材の全面貼り直しを提案され、その方向で話は進んでおります。
私としても、もちろん契約通りのものにやり直して欲しいのですが、全くの素人なので、やり直すことで何か不具合などが生じないか後から不安になってきました。
ハウスメーカー側からは問題無いと言われましたが、今回のミスで不信感を抱いてしまい、信用出来ません。（下地が傷む、床鳴りなど、インターネットで色々な情報を見てしまい、さらに混乱しています）

家具なども、床材のカラーに合わせて選んでいることもあり、また拘って選んだものなので、貼り直ししてもらうのがベストだとは思うのですが…。
そこで建築関係の方にお聞きしたいのですが、貼り直しする場合、なにか注意した方がいいことはありますか？
長文ですみません。アドバイスお願い致します。