普通に考えると、「玄関のアプローチ部分の高さを同じにしてお互いに行き来しやすいように工事をお願い」されたのならその誤差は数ミリの範囲で施工ができると思います。はじめにしっかりベンチマークを決めて、そこから玄関アポローチの高さの差がいくつなのかを確認し、同じベンチマークで基礎工事を行えばそんなに高さを合わせるのは難しい作業ではないと思います。その辺が何か理由がありベンチマークや設計高さを変えざるを得なかったのか、そういうご要望の上で設計高さを決めたが、その決定に至る経緯を施工車が知らなかったために施工の良いように変えてしまったのか。その辺の原因は直接聞いてみないとはっきりしないかもしれません。

デザイン的に、既存のポーチと一体で同じ材料でポーチを作り直したいのなら全く同じ高さの方がきれいに仕上がりますが、既存のポーチに新しいポーチを新しい材料でくっつけるやり方なのだとしたら３cmくらいの段差があった方が納まりはきれいに行きそうな気がします。素片も含めてよくお打ち合わせをされてみては。