土台と柱は別々の部材ですので、「土台と柱」の割れ、カケと解釈して写真もないので想像しますが、おそらく施工している方が問題ないとおっしゃるなら問題ないのでしょう。我は別の質問にも出ていますが、木材は乾燥すると縦割れは起こりうるので、時と場合にもよりますが深刻な問題になるケースは少ないと思います。欠けは、例えば柱の下の土台が欠けてるとか問題になるケースもありますが、ケースバイケースだと思います。ちょっと情報が少なすぎますが、箇所箇所の問題ではなく建物全体的な配置によって問題か問題じゃないかっていう部分もあるので、実際に図面とお写真を用意して信頼できる専門家に相談をされた方が良いと思います。