お写真で見る限り、

はつりまですると逆にあまりよくないとの事でしたが、
左官工での対応は正解なのでしょうか。

→宜しいのではないでしょうか。私でもそう指示すると思います。

また、こういった打設不良やジャンカは良くあり、
これぐらいの不良は軽度とみて良いのでしょうか。

→「よくある事」「軽度の不良」と言ってしまうと語弊がありますが、現場ではありがちな状況です。