標題の「瑕疵保険」と「すまいえ給付金」は全く異なるものですし、そもそも「すまいえ給付金」ではなく「すまい給付金」です。「瑕疵保険」と「給付金」は仕組みも何もかも違います。

あなた様のその細かな言い間違いというか勘違いを責めるつもりは毛頭ありませんが、おそらく、工務店さん？かメーカーさん？との「言った」「言わない」争いがあるのであれば、あなた様の「思い違い」も一因なのかな？と思いました。

ご質問に関して、主旨（おそらく住まい給付金をしんせいするにあたり、瑕疵保険に加入していなかったので、何とかならないか？）を推察した上で申し上げると、

すまい給付金に関しては、国のお金を支出する訳ですから、瑕疵保険に入っている事が重要なのではなく、「建築途中に何らかの検査を行っている」→「ある程度の品質が担保されている」事が重要です。
よって、既に引き渡しされてしまっていては、何とも過去に遡及できませんので、無理ではないかと思いますが、仔細は「すまい給付金」事務局に問い合わせてみてはいかがでしょう。