かつらさん
はじめまして
契約書を交わした時に一緒に契約金が分かる内容の見積書はございますでしょうか？契約後に変更した箇所について変更がありその後見積もりが増減することは住宅ではよくあるのですが、変更した場合にお互いにその金額がどうなるのか確認を行いながら現場が進む必要があると思います。
工事が着工していないようでしたら、しっかりと変更に対しどのような内容で増額になるのか納得がいくまで確認を行ってください。納得されたうえでさらに書類や文面（メールのやり取りでもよいと思います）を残し、後々に言った言わないが起こらない様に進めていただくのがよろしいかと思います。せっかくの自邸ですから一戸建工事中様からのアドバイスの様に冷静にお話を先方と行っていただき、素敵な自邸を作ってくださいね！がんばってください。