1枚目のお写真はそんなに違和感を感じませんが、2枚目のお写真は確かに少し波を打っている様な。
文章からの推測しかできませんが、

「前のクッションフロアーを剥がした後が出てる」
→完璧とまではいきませんがそれを平らにして施工をするのが現場の仕事だと思いますが、その満足ラインが人それぞれなのが現場の難しいところだと思います。
「内装の方がのりが乾く過程で縮んで出ると説明されました」
のりでもなんでも乾いて収縮するのは皆同じなので、収縮した後に再度施工したりします。のりじゃなくて不陸解消に使ったパテのことを言ってるのかなと思いました。
「のりの渇きに時間がかかってる」のもパテのことだと思います。

通常古いCFがきれいに剥がれればほぼパテ無しで張り替えられることも多いのですが、古かったり特殊な接着剤を使われていると剥がしにくい場合があります。そういう場合はパテで平らにするか、古いCF柄によっては剥がさず上貼りするか、合板を上貼りしてから貼ります。その辺の判断が工期優先になると、工事当日に「なんかなかなか剥がれないぞ！今さら合板貼るにしても持ってきてもいないし、パテで行くか・・・パテが乾いたら痩せてもう一発したいな。でも時間が、、ええい貼っちゃえ〜」っていうのは結構ありがちです。工期を始めから2日見ておけばいいのですが。悪意はないと思うんですが、職人さんの言ってることからだとそう思えます。住みながらの工事だと工期も大事ですから、リフォームの場合はある程度は仕方ない部分もあるかもしれません。