文章からだと具体的にどのような形になっているかわかりませんが、通常の木造住宅で通気層有りのサイディング張りだとすると、施工した業者さんは防水の考え方が間違っているので、雨漏りがしてしまって当然だと思います。本来は外壁下の防水紙の部分で防水を取らないといけないので、外壁を剥がしてサッシを取り替える必要があります。外側のコーキングは防水層とは言えないので明らかな間違いに思います。サッシのつばも外側のつばのことを指しているのなら、この部分は防水層を重ねるためにあるので、切ってしまってはいけません。隙間埋め？に発泡ウレタンを使用しているのも雨仕舞いの知識に乏しいのかなと思いました。

他に原因があると言っているのは、ある意味合っているかもしれません。本来は外壁の下の防水層で雨漏りを防いでいるので、外壁の下に雨が入ってしまうことはあります。それが「他の場所」で起きていても、外壁の下でしっかりサッシ周りの防水を取っていれば今回のような雨漏りを起こすことはありません。外壁で防水を取るという間違った考え方でサッシを交換したことにより、現状外壁の下でサッシ周りが防水されていないので、雨漏りを起こしてしまっている状態です。つばを切ってしまっているので、窓周りの外壁を剥がしてサッシを新しいものにもう一度交換するしか直す方法はないと思います。