使用された床材は無垢材なのでしょうか？まずその床材がきちんと床暖に対応しているかどうか。対応しているとなっていても無垢材なら木材ですから完全に収縮や反りが発生しないわけではありません。経験上ですがどんなに接着剤きちんとされようがフロア釘を留めようが、反りが強ければ浮きます。浮いてしまった状態で踏むとなるでしょうね。

「床暖房パネルメーカーによる現地確認、床暖ボイラーメーカーの動画確認、他の設備屋さんによる現地確認」どの方も直接フローリングの施工を手がける職種でないので、自分の分野の責任ではない理由として口を揃えているのかなと思いました。接着不良という意見は出たとしても接着剤不足というのは剥がしてもいないのにちょっと違和感があります。

通常の合板フローリングで床暖対応のものならば、施工の不備の可能性が高いですが、無垢材ならば五年ほどで反りが落ち着くのでそれから対応を考えるのが良いかなと思います。その際、場所にもよりますが浮いている箇所はできるだけ家具やソファなどを重石にしておくと沈んだ状態で落ち着きやすいと思います。