＞施工会社は、違う面にコーナータイプの同耐力の金物を追加したらどうかと提案してきました。

良いのではないでしょうか

＞柱や梁に多数のビスを付けることによる木へのダメージ

ほとんど関係ないと思います

＞金物を単純に追加すれば所定の耐力がとれるとも思えません。

メーカーは「実験値」が無いので答えられないと言っているだけで、「耐力が出ない」とは言っていません。新しく取り付ける方で所定の耐力が取れれば、前につけていた金物は「余裕値」として具体の数値こそ出てきませんが、加算して考えて差し支えないと思います

＞軸組み全て解体しやり直してもらうことは可能でしょうか？

あなた様が、解体、再組立て費用を負担するなら可能と思います。

間違えたのだから、全て施工者の負担でやり直せというのは少々過大な要求で、おそらく、施工者ものみませんし、双方、強硬にそれを主張すれば、現場はフリーズしたままになるでしょう。

間違えた事は、褒められたことではありませんが、工学的に考えて、当初の想定以上に結果として丈夫になるのですから、良しとしませんか？