>1階のフラットルーフの一部が膨らんで、触ってみるとフカフカしていました。

　膨らんだのなら、中に空気が入った・・・の方が近いかもしれませんね。
そうであれば、「プロに頼んで」切開して防水材で塞ぐ。と言う流れが正解と思います。ただ、防水の種類が書かれていませんので、それにより、不可能な物もあります。

>中の部材(発泡スチロールのようなもの)が粉々になっているのではないかとのこと。
>何もしないのに中の部材が粉々になることはあるのでしょうか？

　もし、説明通りの症状であれば、犯人は人ではなく、熱ですね。
屋根への太陽熱等の熱(もちろん冷もですが）の関係と推測します。

>「防水シートの中だから雨水が浸水することはない」と言っていますが本当でしょうか？

　築2年で浸水するような防水は、通常はあり得ないと思われます。し、2年であれば、当然のこと保証内のことでしょう。