必ずしも基礎と土台の芯が同じとは限りません。外面合わせ、内面合わせ、またはそうするとズレが生じた際にはみ出てしまうので外面-10ミリ合わせとか、設計や納まりによって色々考えます。逆に全部芯があってる方が、きちんと考えられているのかな？と思います。その意図を施工者に聞いてみましょう。

今は土台はプレカットでしょうから精密にまっすぐ、直角に作られてくるでしょうが、基礎は職人さんが現場で作ります。多少は曲がったり斜めったりはするでしょう。それが少なくなるような技術や経験、工夫をしますが。大工さんが土台を敷く時には基礎を信用するんじゃなくて、その上に墨を出して敷きます。写真にも写ってますね。