＞双方の不動産会社もビックリしている

申し訳ありませんが、これは不動産事業者さん（正確には担当者）が「知らなかった」だけでしょう。

尚「長期優良住宅」の認定については、持ち主が替わっても、引き継ぐことが法的義務になっていますので、その点、確認してみてくださいね。
（元々、認定を取得してなければ、当然、引き継ぐものはありません）


私は中古の瑕疵保険の方がいいように思います

加入時、最低限の「加入できるかどうか？」のチェックがありますし（とはいっても、生命保険で言えば採尿、採血と同じ程度の）、更に、いわゆる「ホームインスペクション」を行えば、もう少しください詳しく「現在の」劣化具合が把握できます。

よって、そもそも「健全な住宅」かどうかのチェックが出来ます

また、中古の瑕疵保険は途中から延長も可能になりましたので、新築時のを引き継ぐより保証期間が長くなる可能性があります（引き受け保険会社によって異なります）。

住宅の保険、保証は、新築・中古に関わらず、生命保険の三大疾病特約みたいなもので、極めて限定的にしか適用されません。

まずは、「そもそも健康な住宅か？」をチェックされてみては如何ですか？
築浅であっても、色々な状態の物件を見てきましたので・・・私はそう思います。