型式認定の手続きの件と、外部の擁壁に関しては関係ありません。

どんな建物でも、高低差のある敷地では、擁壁関係は「平均GL」という建物の高さを算定する基準の数値に関係してきます。

ただ、図面の読取りとして、取締られ役平社員さんのおっしゃる通り、建物側からRCの地中梁（表面には見えてこない）の可能性もありそうですし、そもそも擁壁が無くても成立しているように思えます。

RIKOさんが、「その部分には擁壁がある」と思い込んでいる可能性もありそうですね。

＞建築確認申請を通すために施工するつもりのない頑丈な擁壁を図面に書き、施工しなかったのではと考えることもできます。

そこまで、先方の悪意を疑うからには、他の部分でも何か、不信感を持つような事があったのではないかと推察します。

その辺りも含めて、悶々とせず、確認されてみては如何でしょうか？

少なくても確認申請上必要な物が、確認申請上の竣工検査時に存在していない（少なくとも目に見える部分で）場合、審査機関が検査済み証を出す事は無いはずです。検査済み証が存在しているのであれば、そもそも、確認申請に必要な物では無かった。と考えるのが自然です。

>外構は下請け丸投げノーチェックの上、
>下請け業者に正しい1階FLを伝えていなかった

これは、どのハウスメーカーにもある事、ありがちな事ですね。
（よくある話だから、それで良いという意味ではないですよ）


擁壁の高さについてですが、これは確認申請上のテクニックとしてままある事ですね。確認逃れと言われれば確かにその通りかもしれませんが、確認申請を要する行為にすると、様々に仕様を上げなければならない＝コストがドンと上がるケースがあります。
例えば、事前に1950で申請すると100万円、2200で申請すると200万円といわれた場合、どちらの選択をされますか？

既に出来上がってしまって、尚且つ、紆余曲折あったので、モヤモヤ・イライラがありますが、事前であれば、さほど迷いなく1950にされたのではないかと思います。メーカーに悪質な脱法の意思があったとは、あまり思えません。

また、特に外構は、極端なお話、相手が「土」ですから、あまり厳密な寸法をあげつらっても、あまり意味が無いように思います。雨が降れば土は流れて低くなる、花壇を作れば、土を掘り返して、結果として高くなる。。。

既に引き渡しが終了していますので、「生命に関わるような悪意を持った重大な不法行為」でない限り、確認申請上のお話を、チマチマと素人が付け焼刃でほじくり返しても、さほど、ＲＩＫＯさんにとって得になるとは思えません。ストレスが溜まるだけです。

平たく言えば、何か、文句をつけるためのオフィシャル（法的）な理由が欲しい、、、といったところでしょうが、本気で喧嘩するなら、弁護士費用他、最終的に自己資金が持ち出しでもいいから喧嘩するくらいの覚悟がないと、満足のいく結果にはなりません（それさえも稀かと）

実益を選択されるのであれば、そこそこで落としどころを見つけた方がいいように思います。