「調べてもわからない」というレベルでは全然ないと思いますし、こういうレベルのお話を実名の先生方が答えてくれる場所で問うても無難な返答しか返ってこないです。しかもなんども同じ質問を何度も毎度書き込みされていて少し荒らしのようにもなっていますよ。忌憚なき意見を聞きたいのであればYahoo!知恵袋の方が適切でいろいろなご意見が聞けると思います。是非利用されてみてください。

ちなみに土台へ配線のための欠損っていうのは、それこそ好ましいことではありませんが、普通にありがちな施工です。このくらいのことは、ネット上でも情報としてたくさん出てきますし、考え方も人それぞれですし、健全な関係を施工者と築けておれば何も問題にならないことです。あなたの場合はすでに完工しているにも関わらず施工者と信頼関係が築けておらず、後から粗探しをしている状態かと思います。まずは施工者との信頼関係を築く努力と、本当に施工者が「悪」であるならもう少しきちっとホームインスペクションを入れて弁護士さんに相談をした方が良いかと。

図面は見せていただきました。
実際に現場がどうなっているのか？
写真の添付はできませんか？

>地震により、土台と柱が外れないか気になっていました。

もし・・・ですが、骨組みだけの時に地震が？
と考えれば、無いことではない　かも　しれません。「かも」です。

これに、内壁・外壁　等々が終わり、完成時点では、それは「無いでしょう」。
地震の大きさ・規模によりますし、必ずしも・・・ですが、

あくまでも私感で、とおことわりをして、

>工務店からは樹脂にて補修すると提案がありました。
>これは問題ないレベルでしょうか？

樹脂にて補修・・・でよろしいのでは無いでしょうか？
問題無い・・・以上の対応と思います。
最近はともかくも、
一昔前なら、「そのまま」、やったとして、木材で埋め木というレベルと感じました。

>これが原因でビスが抜けることはないのでしょうか？

絶対はあり得ないことですが、まず間違いなく、抜けては来ないと思います。

>木材と樹脂は肌別れしないのでしょうか？

木材の表面が、鏡のように「つるつる」であれば、あるいは、ビニールシートのような素材であればともかくも、まず確実にあり得ないことと思います。

正直な感想として
　もう少し「鷹揚な」目をお持ちいただきたいですね。
まるで、「重箱の隅を爪楊枝で掃除するような」気がします。

尖った言い方になってしまいますが、

>エポキシ充填は、低圧注入方法で行った方がよいでしょうか？また、コテでの押し込み方法でよいでしょうか？

それを聞いて、どうしようと言うのでしょう？
穴の大きさから言って、低圧云々は選択しない？でしょう。
コテかどうか、押し込む充填をするでしょうし、それで必要十分と思います。

コテでの押し込みも、表面をなぞって、入れただけに見えるようにすることも可能ですし、しっかり押し込みことももちろん可能です。
例として、コンクリートへの注入としても、ヘアクラックのような細い部分まで行き渡るか？と言うと疑問でしょう。
それを、一つ一つ見分けたとして、どうしようと言うのでしょう？
破壊検査しますか？本末転倒の典型でしょう？