お気持ちは理解するとして、

>とにかく雑な施工が目立ち、とても不安な日々を送っています。

確かに、「雑」といえなくも無い、気がしますが、これにより、強度が落ちるとか、のことは無いと思います。何に不安を覚えておらっしゃるか、お聞かせ願えますか？

>階段の縁の建材があちこち塗装がめくれてきており、曲がって接着されている箇所も多々あります。

最近の建材は、表面に塩ビシートを貼り付けたものが大半です。この場合もそれに準じたものと思います。
この手の建材では、材端の切断面は、ここの場合のように、補修用のシートを貼り付けるか、切り口を塗装するか、しかありません。
　シートを貼り付ける場合、遅かれ早かれ、このようにはがれ、むしれができてしまいます。塗装の場合は、木口の木部、木目が丸見えのままと言うことになります。
貼るフィルムによりますが、フィルムの角ができますので、面取りをすることで、面の部分は、色が剥がれた印象にならざるを得ません。
　
　正直なところ、荒い施工という印象は拭えませんが、「じゃあ 直す」としたところで、美観上は、よくするするだけで、そのときだけの「きれい」です。
何度も同じことを繰り返すことになるでしょう。繰り返すことでの、材料の荒れも気になります。

>通気口のパーツが足りておらず機能していなかったり、

これは、交換をさせることは可能だと思いますし、美観では無く、実質機能の欠点です。直すことは可能とも思います。

>これから30年以上ローンを払いながら住むのに、、子供にも残してあげたいのに、、

お気持ちは理解しますが、お子様に残される頃には、リフォーム、メンテナンスの時期や、すでにそれを数度経ている頃と推測します。
家の基本性能に影響が無いことであれば、そう、気に病まれることは必要ないかと思いますが、いかがでしょうか？
建て売りに限らず、家の基本的な強度、性能の方に気を配る方が、有益と思われます。老婆心ながら（じじいですが・・・）