責任の所在をはっきりさせることは難しいと思います。実際水道局に申請を行っているのは、ハウスメーカーの下請けの水道業者です。ハウスメーカーなら下請けに建築会社がいてさらにその下請けの水道業者かもしれません。現場ではこっちの世帯がAでこっちのメーター、そっちはBでそっちのメーターって工事しますが、申請自体は各メーターに記載ある番号ごとに、使用者の「名前」を提出します。そこが現場と申請でリンクされないんですよね。
アパートのように部屋番号があるとわかりやすいんですが。

どちらにしても、問題としてあげるのは少し無理があるかなと思います。「補償」ということですが、２世帯の水道料金の差額分以外に何か損害が有りそうでしょうか？差額分だけだとしたらあまり大きな損害がなさそうです。仮のその差額が大きな場合、なぜ２５年間もの間、気がつかなかったのか？という視点で見られてしまうと思います。名義が逆になっていることは水道局に連絡をすれば簡単に戻してもらえます。それでは気が済まないでしょうか。
悪いのは建築請負業者なんですがね。