ん〜それは濡れたら張り替えるのが一番確実なのですが、本当にそんな必要があるのかの確認は必要だと思います。

写真を見たところ、ぼくにはそこまで致命的な状態には見えません。野地板はルーフィングをおそらく広小舞キャップなどの納まりからそこし短めに切ってしまっているんですよね。なので軒先が少し水を吸ってしまっているように見えます。これは乾くと思うんですが、ずれてしまっているのは濡れて剃ったのではなく施工時にすでにこうなっていたように思います。捨て破風材などを取り付けるときに直すのかなと。
床合板はぼくだったら１０日もこうの状態でお休みになっちゃうなら全周ブルーシート養生ですね。この場合はそこまで手間をかけてもらえなかったようです。外周の柱を切り欠くのも大変なのでその手前までのフィルム養生をしていますがその端から雨水を吸ってしまったのでしょうね。この程度なら早めにフィルムを剥がして乾かせが何も問題はないかと。
３枚目の写真は軒先のルーフィングをめくったところですかね？追記で、軒先以外もルーフィングの下が濡れているということなので、これはさすがに乾きにくいと思います。ルーフィングを一度天気の良い日に剥がして、合板を乾燥させて新しいルーフィングを貼り直す、で良いと思います。
野地板の裏がカビているっていうのは、雨のせいじゃないかもしれませんしカビじゃないかもしれません。時々このような色違いの合板は混じってきますし、保管や運送時にカビが生えることもあります。ここまでで合板を本当に張り替えないとならない状態なのか、カビなのかどうか、など立ち会いのもと説明を受けてご納得されるようにしてください。状況にもよりますが、できるだけ合板を張り替えるのはやらない方が良いと思います。

それから話が変わるのですが、お休み中の現場への出入りというのは、どのように案内をされているでしょうか。ご自分の家なのでそれは見て文句を言われる筋合いはないと思うのですが、この状況の現場を無許可で見るのはあまり良いことではありません。きちんと話してからできるだけ立ち会ってもらい見る方が安全管理的に良いと思います。ルーフィングをめくったりしたとなると品質管理的にも問題が出ます。その辺でお咎めを受けないようしながら家づくりを楽しんでください。

>床合板の下はカビが発生しており、防水シートをはがして

放水シートっていうのは床合板の上に貼ってある透明のフィルムのことですよね。ぼくの印象としてはこの状態でそう短期間でカビが生えるようには思えないので、釘のサビかな？とも思います。黒くなります。その部分のみ釘の増し打ちではどうでしょうか？

>乾燥させれば大丈夫なのかもやもやしております。

乾いた状態で表面が凸凹していなければいいのかなと。二、三回直接雨に打たれないとそうはならなそうです。この場合、外周は雨に打たれていますがすぐ乾く状況、フィルム際が乾きづらいが染みてる程度、のような印象です。厳密には含水率など基準はありますがそこまで管理している会社は稀と思います。

>デメリットもあるのでしょうか？

剥がすのは張るよりも時間がかかります。その間にまた雨が、、、工期が遅れて梅雨入りに、、、その時にしっかりと養生をしてくれれば良いのですが。あと単純にもったいないといいますかエコでない、、、状態の深刻度によると思います。

>つい心配で入ってしまいました。

そうですよね！お休み中の雨のことや見学のことを案内しない部分が配慮に欠けると思いますが、そこまでひどい管理ってわけでもないと思うので、できるだけ協力的に要望を伝えてはいかがでしょうか！