例えば耐え難いという状況であれば　コバエの種類をお調べになるほうがよいでしょう。それがわかると発生源を推察することができるようになります。
10頭くらいのコバエをそっとティッシュなどにくるんで、それを空気で膨らませたチャック式袋にいれて保健所等に持ち込んで「この虫がたくさん出て困ってるんです」と相談に行くと虫を調べてもらえることがあります。
多くの虫には走光性という光に向かって飛ぶ性質があります。だからサッシ周辺に集まりるのです。そこが発生源に近いわけではありません。
芳香性のあるコバエ捕りは、コバエを誘っていることがあるので使い方によっては虫が多くなってしまいます。たくさん捕れるからいいのか、捕れないほうがいいのか判断は難しいところです。
換気扇を回すときは空気を吸い込む側の換気口にしっかりとフィルターがはまっていることをチェックしましょう。フィルターがないと虫を吸い込んでしまうことがあります。
家を空けたから虫が入ったのでしょうか？それともユスリカなどの発生数が多い季節と家を空けた時期が重なったからでしょうか。そのように観察してみるのも解決への糸口につながるかもしれません。