これだけでは、アップ過ぎてわかりづらいようです。
全体を確認できる写真がほしいですね。
それと、この写真は、防水を剥がした写真？ですか。

>膨れがみつかり

防水の場合、工法にかかわらず、多かれ少なかれ、膨れは出ます。
エアの膨れと、浸水による膨れも別の要因、別の対策です。

>下地合板が水分を含んだことによる施工不良 を指摘しましたが木の伸縮による経年と説明されました。

施工箇所によりますが、水分を含んだ・・・木下地、合板は、いつまでも濡れてはいません。密閉状態に無い限りは、乾燥すると考えられます。
もちろん、常に浸水する状況で無ければ。
木の収縮、建物自体の動きは、付きものですし、避けようはありません。

>数日で全面に腐食が入るとは考えずらく施工不良によるものと思っていますが

情報不足でもあり、ここでのジャッジは避けますが、必ずしも・・・と言うのが正直なところです。

必ずしも・・・ですが、
防水の機能が健全であり、浸水を防いでいる。と言うことは、気密性能も健全と考えられます。それで、膨れが発生するわけです。
湿気も逃げません。外部からにかかわらず、室内側からの湿気による釘のさびも発生する可能性も、否定できません。(ある程度、住宅の気密性能にかかわる話でもあります）

合板下地にFRP防水、築7年ということと写真から推測しますが、

>木の伸縮による経年と説明されました。

あながち間違えではないと思いますが、元々FRPはそういった動きに対して追従性が高いということで木造に多く採用されておりますし、FRP防水で10年以内に下地と肌別れしてしまうケースはぼくは一度しか経験したことはありません。あながちありえない話ではありませんが滅多にないことかと思います。

お写真は防水をご自分で剥がしてしまってその下地合板の状態だと推測すると、防水に不備があり「雨漏り」したことによって釘が錆びたようにはぼくは思えなくて、FRPがきれいに剥がれ過ぎているので、はじめから密着不良だったのではないでしょうか。その密着不良の原因としては、

>下地合板が水分を含んだことによる

と思います。その水分で釘が多少錆びていますがそれ以上錆びは進んでいません。(7年間何かしらの湿気で錆びが進んでいたら鉄釘はほぼ朽ちていると思います)

問題は補償の方ですが、防水保証は10年あっても密着不良の方は保証がない、または切れているかもしれません。防水を剥がしてしまった状態で、以前の防水に不備があったことを証明することは難しいかもしれません。
なんとか防水をやり直さなくてはいけない状態だと思いますが、その費用を捻出するためには建物の方の保険の特約も念のため確認してみては。雨漏りを直す費用はでないと思いますが、雨漏りによって被害を受けた部分の修繕は保険金が下りるかもしれませんので、雨漏りの結果、床合板が腐敗し修繕の必要があるなど、うまく交渉が必要ですが。