>今からでも自分でコーキングしておいた方がいいですか？

コーキングのポイントを考えてみると、
外側から、「カバーの周り」?「カバーの取付面(壁との接触面）」?「内部へ向かう配管周囲と壁材の間」?「通気層内部、タイベックの表面」?「タイベック裏側、断熱材外側」?「内壁面、気密層周辺」・・・・これらすべてにコーキングの必要はありませんが、確実に必要な場所、優先すべき場所、他の部分の補助に過ぎない場所、有ります。
必ずしも・・・ですが、
内部から順に比較的重要になると思います。
施工の順番により、施工が不可能な部分もあるわけで、後付けで有れば、内部の諸々は期待できません。

で、この一番外側ですが、最低限「カバーの取付面(壁との接触面）」「内部へ向かう配管周囲と壁材の間　この部分のコーキングができていれば、重要性はありません。逆に言うと、そこにコーキングがされていないのならば、ここでしか「止水」できないことになります。
実際に施工されたところに、問い合わせして、その辺を決定されることをおすすめします。