私がここ十数年の中で、いくつかの物件で
何度か行った実績では、問題は無かったようです。

まず、外壁に際立った問題が無かったのであれば、サッシを残すことは、
環境として、リフォーム前と変わらない状態と考えられます。
問題があったので有れば、それの対策が最優先です。
次に、私はここで、窓ガラスをアルミパネルに変えました。曇りガラスや型ガラスならば、ガラスのままでも良いのですが、中が丸見えですしね。

>ガラスに断熱ウレタンフォームを貼る方法を考えて頂きました。

この場合は、ウレタンが窓から見えることは、劣化の原因です。
アルミパネル交換にこだわりませんが、ガラスであれば、化粧合板をガラス面に(内側から）張るなりの対策は必要だと思います。
その次が、サッシの内部に十分な「断熱」を入れました。現場による違いはありますが、断熱は必需です。窓以外の部分の断熱に準じて決定します。
ウレタンパネルももちろん良いですが、それも厚さとの相談です。
内部は、ユニットバスを組み立てる前に、内壁と、気密施工を忘れずに。

防犯上は、多少弱いですが(ガラスを割って侵入されるかも？）
防犯用のフィルムを貼っておくことも、安心かもしれません。
間違っても、内部でクレセント錠をかけ忘れないようにする必要もあります。
内壁ができてからでは、錠はかけられません。

蛇足ですが、

>最初は窓枠だけを残し今ある外壁に近づけるようサイディングをするとのことでした。

これも、行ってみました。
私の場合は、あえて外壁とは別に見えるようにしました。
窓枠の内部の意匠にセンスが必要ですが、逆にそこがポイントとして良いことも、ままあります。あくまでも感性と、好みの問題かと。
私の場合は、同じようにあまり目立たない裏の方だったので、安心して行いましたが、お客様には　それなり　喜んでもらいました。(笑）