あくまでも基本的な考え方の話で、
今回の件がそうとは限らない、前提で。

>基礎工事を行うのにコンクリートを30cmほど切るという説明がありそれには了承しました。

基礎工事にかかわり、間違いなく必要不可欠な部分、その周辺の部分でしょう。
ここは切らなければ、仕事がそもそもできませんし、「本体工事」です。

>工事が進んでいき雨樋からの配管を施工するタイミングでコンクリートを2mほど剥がして施工すると言われ・・・・

工事の過程で必要になった。
当初から計画されたものか？最善の経路がそこだったのか？そこしか無かったのか？いろいろと考えられたにしろ、配管を施工するのは、本工事の範疇ですが、それは最優先として、切ることは、当然付帯する部分です。
切られた部分、ここは、本体工事とは意味が違い、「外構工事」の範疇です。
　この辺が、業者の言い分では無いでしょうか？
「当然、切ったんだから、埋めるべき。」と、確実なものとは言いがたいものだと思います。
もちろん、当初から見積もりに入っていて、工事としてやることがわかっていた。というのであれば、話の切り口が変わってきますが、
通常は、「外構工事」は別途　というスタンスです。
ですから、コンクリートを撤去するかも、復旧するかも、当初の見積もり段階の話に無かったのであれば、
最低限の埋め戻しまではやっておきますので、外構工事として別途に後からやってくださいね。ということだと思われます。

一般的にどうか、直す直さないどちらが正解なのかではなく、事前の説明に尽きると思います。事前に計画されていたのであれば配慮として事前にそう言ったあとで費用のかかる施工になることは説明するのは当然と思います。だからと言ってやはり福地先生の言う通り交渉ごとは関係を良好に保ちながら進めるべきかと思いますが。

その部分を自費で直す直さないで外構費用がだいぶ違ってくるのであればその資料を持って交渉にのぞんで下さい。